В 1854 году здание было перестроено, слева сооружено дополнительно одноэтажное крыло. В 1869, 1882 и 1897 годах в зданиях был проведён капитальный ремонт, надстроены вторые этажи. После Октябрьской революции здание передается баптистской общине. В 1938 году власти разгоняют и ее.
После освобождения города от фашистов в 1943 году воронежскую кирху восстанавливают и отдают Горэлектросети. В 1990-х постройке был присвоен статус памятника архитектуры. В 2008 году лютеранской общине вернули только угловое здание, точнее его часть – церковь Св. Марии Магдалины. Зданию кирхи вернули исторический облик. Кирха Святой Марии Магдалины получила статус кафедрального собора.